多了a梦大结局？
动画大结局讲述了：
因为被博士用特殊纸所制作的假照片所欺骗，以为妻子去世的碇真嗣，终于决定回到自己长久以来的住所。但是一回到父母家，就被父亲硬拉到了基地内，不过，他竟然在这里见到了一直梦寻已久的母亲，这才发现这一切全被父亲算计了。
母亲绫波丽为了阻止NERV的司令，也为了阻止第四使徒，而决定驾驶最后的第二形态的EVA进入最后之坛。碇元渡因为担心儿子会阻止妻子，所以要真嗣也进入EVA一起战斗，为了见到母亲的真嗣毫不犹豫地答应了。
于是，母子二人共同驾驶EVA，与第四使徒展开死斗。在EVA即将被吞噬的时候，EVA突然从母体中破胸而出，EVA与第四使徒合为一体。虽然胜利了，但是EVA也因为精神波过于强大而彻底损坏。
母亲绫波丽完全觉醒，她的灵魂从使徒中分离出来，并飘向天空，与朗基努斯之枪相结合。终于，真嗣见到了自己的母亲，并喊出了母亲，同时，绫波丽也开始对他微笑，这时，突然发生了异变，朗基努斯枪从空中飞了出来，并插入到了真嗣的意识世界。
碇元渡看着母亲绫波丽被朗基努斯枪所吸收，他内心也充满了哀伤与悔恨。
真嗣的意识被吸入朗基努斯之中，他经历了漫长的意识之旅，并且见到了已经死去的碇源渡，还有死海文书的创造者亚当与莉莉丝的幻影。
真嗣与过去的源渡，他们一同驾驶初号机，并且来到了亚当与莉莉丝的面前，真嗣他们进入了亚当的体内，在这里他见到了自己一直梦寻的凌波丽，她也再次出现在自己面前。
但是这次并不是EVA的姿态，而是人类女性的姿态，并且她并不认识真嗣。就在真嗣想要触碰她的时候，突然间从黑暗中伸出一只爪子，把EVA全部抓破，并且他们一起坠落，真嗣被扔到了外边。
再次醒来时，真嗣发现自己仍然在EVA中，而且绫波丽似乎也毫发无损，但是源渡却告诉真嗣，凌波丽已经不存在于这个世界上了。为了救出EVA里面的母亲，真嗣再次驾驶EVAs前往救她，可是他失败了，EVA和真嗣全部被吸进了亚当的体内。真嗣醒来后发现自己被囚禁在一种神秘的光中，突然间他感到一阵眩晕，当他再次睁开眼睛后，他发现自己来到了NERV的总部，母亲绫波丽正站在他面前。
真嗣欣喜若狂，凌波丽告诉他，她并不是他的母亲，只不过是因为她是由源渡所制造出来的EVA，所以他们两个才长得很相像。所以真嗣和绫波丽才很像，但这不是血亲关系。
听到这消息的真嗣顿时惊呆了，他不知道这是真是假。
EVA全剧终。